Fondata da San Carlo Borromeo nel 1562 in onore di Pio IV, e dedicata a san pio I, su disegno di Francesco da Volterra, ebbe annesso un monastero di donne convertite. Queste, nel 1628, furono trasferite in un altro luogo, ed il convento fu occupato dalle Clarisse che dedicarono la chiesa alla loro fondatrice Santa Chiara di assisi (1194-1253). Scacciate le Clarisse da Napoleone nel 1810, l'edificio passò all'arciconfraternita di San Gregorio Taumaturgo finchè, nel 1855, il tetto della chiesa crollò ed il complesso divenne sede del Seminario Francese che ricostruì la chiesa tra il 1883 ed il 1890. Fu allora che venne sostituita la facciata di Francesco da Volterra con l'attuale di Luca Carimini, che però è di scarso effetto.