Originariamente dedicata ai santi Quaranta, martiri al tempo di Diocleziano, fu assegnata all'arciconfraternita delle Santissime Stimmate nel 1594 e dedicata alle piaghe della Crocifissione che S. Francesco ebbe sul monte della Verna il 14 settembre del 1224, come rievoca la statua sul portico raffigurante Il Santo nell'atto di ricevere le Stimmate, opera di Antonio Raggi. Fu costruita, tra il 1708 e il 1721 da Clemente IX, che era un membro dell'arciconfraternita, su progetto di G.B. Contini. La facciata fu diseganta da Antonio Canevari insieme al campanile. L'interno è una sala rettangolare voltata a botte, con decorazione fatta dal Valadier nel 1829. Nella volta, Gloria di San Francesco di Luigi Garzi. All'altar maggiore, San Francesco stigmatizzato di Francesco Trevisani. Bella sagrestia è conservato un reliquiario in argento dono del cardinale Francesco Barberini del 1633, raffigurante un angelo che sostiene un'ampolla di cristallo: contiene i frammenti di tela e spugna imbevuti del sangue che sgorgò dalle piaghe di S. Francesco alla vigilia della festa dell'Esaltazione della Croce e raccolto da fra Leone, testimone del prodigio. Al piano sovrastante la sagrestia è l'oratorio, con soffitto affrescato da Giacinto Brandi, che rappresenta San Francesco che riceve le Stimmate. Nel sotterraneo della chiesa esiste un macabro cimitero con ossario sistemato geometricamente, che risale al Cinquecento.