Celeberrima per la presenza del Mosè michelangiolesco, questa anti­ca chiesa sorge in una bella posizione appartata, al sommo del Fagutale, estremo sperone occidentale del colle Esquilino. E nota anche come basilica Eudossiana, in memoria dell’evento avvenuto sotto l’imperatrice Eudossia, nel V secolo, quando le due metà delle catene con cui S. Pietro fu imprigionato a Roma, poste a contatto, si saldarono miracolosamente, e a motivo di ciò fu costruita l’attua­le basilica per conservarle, da cui anche l’appellativo «in vincoli». Recenti scavi archeologici hanno messo in luce sotto il pavimento della basilica attuale due fasi costruttive precedenti, una del III secolo con un’aula absidata, forse la primitiva domus ecclesiae sorta sul luogo, una del IV secolo, con resti di una basilica a tre navate, poi distrut­ta nel secolo successivo per dar luogo alla basilica odierna. L’edificio subì numerosi interventi nel Medioevo, ma un rimaneggiamento globale fu effettuato a metà del Quattrocento per volontà di Nicola Cusano, cardinale titolare della basilica, per proseguire fino al 1475. Infine, nel 1705, fu costruito l’attuale soffitto.

La chiesa è preceduta da un portico del 1475, attribuito a Baccio Pontelli, sovrastato da un modesto corpo di fabbrica della fine del Cinque­cento: l’interno è splendido per la spaziosità e le proporzioni, a tre navate absidate, le laterali coperte da volte a crociera mentre la centrale da un soffitto ligneo a cassettoni. settecentesco. al cui centro un affresco scenografico del genovese Giovambattista Parodi, raffigurante il Mi­racolo delle catene; splendide soprattutto le venti colonne doriche antiche.

Nella navata destra, al primo altare, S. Agostino, del Guercino, al secondo, monumento del cardinale Agucchi, su disegno del Domenichino; si giunge nel transetto destro, dove è conservato il Mausoleo di Giulio II, opera di Michelangelo, terminato nel 1545. in maniera incompleta e ridotta rispetto al progetto iniziale che ne prevedeva la colloca­zione nel nuovo S. Pietro, e di cui diverse sculture si trovano ora a Firenze e a Parigi. Del monumento attuale, di mano del Buonarroti sono unicamente, oltre al celeberrimo Mosè, le due statue laterali di Lia e Rachee. mentre le parti restanti furono eseguite col concorso di diversi collaboratori. Da qui si può accedere alla sagrestia, preceduta da una antisagrestia in cui sono conservati la Liberazione di S. Pietro,del Domenichino, e il S. Agostino di Pier Francesco Mola. La sagrestia vera e propria è dipinta a grottesche del tardo Cinquecento e possiede un bel pavimento antico. Nell’abside destra, S. Margherita, del Guercino, mentre gli affreschi del 1577 nell’abside maggiore sostituiscono il mosaico absidale rifatto nel XIII secolo, del cui aspetto si sa ben poco. Sotto l’altar maggiore, la confessione ottocentesca racchiude, entro sportelli bronzei del 1477, le Catene di S. Pietro, oltre a uno splendido sarcofago paleocristiano del IV secolo. Passando alla navata sinistra, sopra il secondo altare, icona a mosai­co di S. Sebastiano, del 680 circa, in cui il santo è raffigurato secondo l’iconografia originaria, anziano e barbuto; alla fine della navata, la pie­tra tombale del cardinale Nicola da Cusa, opera di Andrea Bregno. A destra della chiesa si può accedere al bel chiostro dell’antico con­vento, costruito tra il 1493 e il 1503 forse da Giuliano da Sangallo, e ora completamente inglobato nelle costruzioni del primo Novecento che ospitano la Facoltà di Ingegneria dell‘Università di Roma.

Sul fianco sinistro di S. Pietro in Vincoli si apre la via delle Sette Sale, una delle più suggestive della città per il fatto di conservare ancora par­te dell’aspetto che potevano avere queste zone suburbane della città alla fine del dominio papale; la strada, più oltre sulla destra, si apre sul parco archeologico del colle Oppio.