E' una chiesa di antichissima origine, fondata sotto papa Sergio I (687-701) come diaconia, ovvero centro di assistenza ecclesiastico nei confronti della popolazione cittadina. Nel 1049 papa Leone IX la fece ricostruire ad un livello più alto, come chiesa, con annesso un monastero. La chiesa venne ricostruita altre due volte, nel 1491-1506 e a partire dal 1639, su progetto di Cosimo Fanzango, architetto che operò soprattutto a Napoli, fino al 1661-1662, quando fu completata la facciata, su disegno di Pietro da Cortona. L'attuale chiesa sorge in un area ricca di resti archeologici, a partire dai sotterranei stessi, un tempo ambienti dell'antica diaconia. Questi, a loro volta, poggiano su resti di un porticato tardo antico che doveva far parte di alcuni horrea (magazzini annonari). Inoltre di fronte alla chiesa,a  cavallo del Corso, un tempo via Lata (tratto urbano della via Flamini), si ergeva l'Arcus Novus, costruito in onore di Diocleziano e demolito in occasione del rifacimento della chiesa del 1506. La diaconia era ricca di importanti pitture altomedievali, dal VII all'XI secolo, che furono ritrovate in diverse campagne di scavo nei sotterranei, a partire dal 1905, poi quasi tutte o distaccate o largamente deperite, sicché i sotterranei attualmente visitabili mostrano una pallida ombra dell'aspetto originale dell'antico edificio, il quale tra l'altro era orientato in direzione opposta a quella odierna, verso piazza del Collegio Romano. La facciata cortonesca risulta una delle sue opere più innovative, tutta giocata sui rapporti chiaroscurali che si intensificano verso il centro, dove i due ordini sovrapposti si aprono nel portico a pianterreno e nella loggia a serliana al piano superiore. Assai bello risulta anche l'atrio che è concluso ai lati da due absidi schiacciate. L'interno della chiesa è a tre navate, spartito da colonne rivestite da diaspro di Sicilia, e ha una ricca decorazione a stucchi dorati. L'altar maggiore ha altresì una ricca decorazione marmorea, atribuita tradizionalmente al Bernini. Sull'altare è una Madonna avvocata di scuola romana della seconda metà del XIII secolo, firmata da Petrus pictor. Nella cappella di S. Ciriaco, in fondo alla navata sinistra, monumenti funebri della famiglia Bonaparte (la madre di Napoleone I, Letizia Ramorino, visse a lungo, dopo la caduta del figlio, nel vicino palazzo d'Aste, su piazza Venezia, fino alla morte avvenuta nel 1836). Di fronte alla chiesa si può vedere la ricostruzione moderna di parte del palazzo Odescalchi, realizzata dall'architetto Raffaele Ojetti dopo un incendio nel 1889. Pur dignitosa, essa stona assai nel panorama architettonico romano a causa del suo stile ispirato ai palazzi del quattrocento fiorentino.