L' origine della chiesa è assai più antica di quello che comunemente si  pensi. Ricordata già dal 955, viene fatta risalire all' anno 1256 sotto il pontificato di Alessandro IV; ma in un documento di vendita del 1165 si nomina già la chiesa di S. Maria in Via. Il nome deriva forse dalla vicinissima via Flaminia, che venne chiamate  per antonomasia la via in una epoca nella quale i dintorni della chiesa erano pressoché aperta campagna, come attestano i nomi storici di alcune contrade sorte più tardi; tanto più che la chiesa nel secolo XIV si affacciava direttamente sulla Flaminia. Il prof. Orazio Marucchi,  in una scavo aperto alcuni anni or sono, potè osservare nelle fondamenta della casa attigua alla chiesa alla sua destra, un tratto di antica strada romana selciata con  poligoni di lava basaltica alla profondità di circa 6 metri sotto il livello del piano stradale. Quella via aveva una direzione quasi normale all' asse dell' attuale chiesa di  S. Maria   e  teneva più o meno la direzione della moderna via del Corso, sotto alla quale  in  alcuni tratti si rinvennero alla stessa profondità, sotto il muro divisorio dei palazzi Ferrajoli e Pericoli, dei resti. Era  dunque una via laterale alla Flaminia  che si dirigeva verso le pendici  del  Pincio. In continuazione di quell' allineamento e poco lontano,  dietro il palazzo Poli, rimane ancora in piedi l' arco monumentale dell' acquedotto della Vergine, con la epigrafe di Claudio; quell' arco è in gran parte interrato ed indica sicuramente il passaggio di un' antica strada che dal colle degli orti scendeva verso la via; ciò fa credere  che questa fosse la prosecuzione  di quella rinvenuta presso la chiesa, la storia della quale si riallaccia  ad un celebre miracolo avvenuto nel 1256. Si racconta  che durante l’anno del pontificato di  Alessandro IV, le acque di un pozzo che era in una stalla presso il vicino palazzo del card. Pietro Capocci , tracimò allagando presto l’intera zona; il fenomeno cessò solo quando  venne raccolta un’immagine della Madonna, dipinta su di una lastra di silicio, portata  a galla proprio da quel pozzo.  Il  Cardinale Capocci, stupito da quel miracolo, fece edificare in quel luogo la chiesa. Ma come si è detto prima, la chiesa risulta più antica del 1256; perciò, per  conciliare questa tradizione con la costruzione voluta dal  card. Capocci,  si può pensare  che l' antica chiesina di S. Maria in Via, forse già in cattivo stato, venne sostituita da una più ampia e decorosa nella quale venerare l’immagine prodigiosa della Vergine. Venne inglobato dalla chiesa stessa anche il pozzo, in cui era tradizione, fino ai tempi di Alessandro VII, che vi si trovasse una pietra del pozzo della Samaritana ed alle cui acque, da allora, furono attribuite virtù taumaturgiche. La chiesa fu parrocchiale fin dal 1452.  Sotto Innocenzo VIII nel 1491 fu riedificata. Nel 1513, affidata da Leone X ai padri Serviti, che nel 1549 ne  rialzarono le fondamenta. Attualmente la chiesa si presenta come è stata progettata, nel 1594, da Francesco da Volterra e Giacomo Della Porta, che iniziò anche la facciata. Nel 1604 venne fatta fare la tribuna ed il coro dal Card. Bellarmino, di cui, nel convento, si conserva ancora la sedia. La chiesa venne completata nel 1670 da Girolamo Rainaldi. La facciata, con finestrone centrale, è a due ordini. L’interno, a navata unica, ha quattro cappelle per lato. Nella prima cappella, entrando a destra, fatta erigere da Monsignor Canobio,  vi è la miracolosa immagine delle Madonna del Pozzo ed il pozzo ancora funzionante e da cui si attinge l’acqua che viene offerta da bere ai fedeli. La seconda cappella di Licinia della Porta è dedicata a S. Filippo Benizi. La  terza cappella,  Aldobrandini, ha sopra l’altare una ”Annunciazione” ed ai lati, l’”Adorazione dei Magi” e “Natività” opera del Cav. D’Arpino (1596). La quarta cappella di Carlo Lombardi, rappresenta la SS. Trinità. A sinistra rispettivamente nell’ordine: la cappella di s. Andrea Apostolo, della famiglia del Bufalo. La cappella dell' Assunta, di Porzia dell' Anguillara. La cappella dei SS. Girolamo e Giuseppe di  Ortensia del Bufalo, passata poi a Lelio Barigiani . La cappella di S. Carlo dell’Abate di Giuliano Maruccelli. Nel periodo natalizio, la chiesa espone uno dei più suggestivi presepi di Roma. Girando dietro l’abside della chiesa, si arriva a Piazza Poli dove si trova il settecentesco oratorio del SS. Sacramento, ricostruito sotto Benedetto XIII da Domenico Gregoriani. Nella chiesa v' erano i sepolcri di nobilissime famiglie, tra le quali i Fontana, i Saraceni, i Sarra, gli Orsini, i Baronibus, i Canobio, i Capocci ecc. Sotto il pontificato di Alessandro VII la Visita Apostolica vi annotò le seguenti cappelle gentilizie:

1a a mano destra dell' altare maggiore una cappella dei ss. Girolamo e Giuseppe fondata da Ortensia del Bufalo, passata poi a Lelio Barigiani  2a idem, cappella dei ss. Girolamo e Giuseppe fondata da Ortens