La chiesa di Santa Maria in Traspontina anticamente (sec. VIII) non sorgeva dove oggi si vede. Essa era più vicina a Castel S. Angelo, vicino alla cosiddetta "Meta Romuli" e siccome era 2al di là del ponte" era chiamata in Traspontina.ad erigerla era stato papa Adriano I dedicandola alla "Mater Intemerata". a questa chiesa si formavano degli imperatori che dovevano essere incoronati nel Sacro Romano Impero. Nella sua fuga da Castel S. Angelo è qui che si rifugiò Benvenuto Cellini. però, quando il Tevere straripava, spesso la chiesa s'inondava. Innocenzo VIII la Donò ai Carlemitani nel 1484 e dopo che fu demolita per opere difensive di Castel S. Angelo, la chiesa venne ricostruita completamente sul luogo dove vi era la sede del Governatore del Borgo, magistratura creata da Giulio II e dove ancor oggi si può ammirare. Con la ricostruzione della chiese anche i Borghi ebbero un "rilancio" che erano stati abbandonati dalle famiglie più abbienti dopo il "sacco di Roma". la chiesa fu iniziata nel 1566 su progetto dell'architetto Sallustio Peruzzi, con cui collaborarono Gian Maria de Fabriciis e Battista Ghioldo; fu poi continuata da Ottavio Mascherino (1581-1587) e completata da Francesco Poperelli (1635-1637) che fu anche autore del campanile. La facciata è in blocchi di travertino in parte proveniente dal Colosseo quale materiale di spoglio. L'interno a croce latina, è ad una navata con cinque cappelle ed il transetto è sovrastato da una cupola senza tamburo del Mascherino. Una curiosità: la mancanza del tamburo è dovuta alla necessità di non ostacolare il campo di tiro delle artiglierie di Castel S. Angelo. La prima a destra è la cappella di S. Barbara della Compagnia dei Bombardieri di Castello. il dipinto della santa è di Giuseppe Cèsa detto Il cavalier d'Arpino. Vi sono altre tele ed affreschi di buoni pittori della seconda metà del cinquecento e seicento; esse rappresentano S. Canuto seconda cappella a destra, S. Alberto quinta cappella a destra, S. Angelo martire quinta cappella a sinistra, La Battaglia degli angiari sesta cappella a sinistra. Della vecchia chiesa, sono conservati una terracotta trecentesca della Pietà (prima cappella a sinistra), il Crocefisso (quarta cappella a destra), i fusti di colonne provenienti dalla "Portica" o "Via Santa" che si possono ammirare nella terza cappella a sinistra. La volta della sagrestia è affrescata con una "Madonna del Carmine" attribuito a L. Garzi. Accanto alla sagrestia stessa vi è un confessionale donato da Cristiano X re di Danimarca. Sull'altare maggiore troneggia un baldacchino di Carlo Fontana (1674); L'icona della Vergina (italobizantina), è stata incoronata dal Capitolo vaticano nel 1641.