Sorge sulla piazza della Navicella, così chiamata per la presenza nel suo mezzo della fontana della Navicella, scultura del 1513 sulla falsariga di un antico ex voto in marmo che si trovava precedentemente sul posto. La chiesa è un'antica diaconia, probabilmente esistente fina dal VII secolo, e che fu costruita nell'aspetto che ancor oggi conserva in parte agli inizi del IX secolo. Sotto Leone X fu restaurata e vi fu aggiunto l'elegante portico tuscanio a cinque arcate, contestualmente all'erezione della "Navicella". L'interno basilicale è a tre navate, divise da diciotto colonne di spoglio in granito con bei capitelli corinzi antichi. La navata centrale risulta particolarmente spaziosa e ariosa. Preziosi mosaici adornano il catino e l'arcone absidali, quest'ultimo sorretto da due splendide colonne di porfidio. Nell'arcone , Cristo tra due angeli e gli apostoli, e sotto Mosè ed Elia; nel catino, Madonna in tronco col Bambino tra due schiere di angeli e papa Pasquale I (817-824, committente del mosaico) in ginocchio. La confessione è creazione moderna; nelle navatelle, bella raccolta di sarcofaghi romani.

Uscendo dalla chiesa, a sinistra, un portale del 1625, opera di Carlo Lombardi, che fino al 1885 dava accesso alla villa Giustiniani-Lancellotti di via Merulana, e che nel 1931 fu qui rimontato, all'ingresso principale della villa Celimontana, o Mattei, allora aperta al pubblico, e ancor oggi uno dei più piacevoli parchi pubblici della capitale, nonostante le ridotte dimensioni. All'interno del parco, impreziosito da numerosi frammenti antichi, è un obelisco egizio, l'obelisco Matteiano, che in origine si trovava sulla piazza del Campidoglio, davanti all'ingresso laterale dell'Aracoeli, e che fu donato ai Mattei nel 1582 per la munificenza da loro dimostrata nei restauri della basilica capitolina. Fu innalzato nella villa solo nel 1817. Proviene da Eliopoli e risale all'epoca di Ramesse II (XIII secolo A.C.). Portato a Roma nell'antichità, fu trovato nel medioevo nell'Iseo Campese.