Un'altra delle chiese romane che più profondamente sono assurte a simbolo di determinati aspetti della città stessa, e che con gli adiacenti templi di piazza Bocca della Verità costituisce un quadro vivente della continuità tra la Roma antica e quella medievale.  Sul luogo ove sorge la chiesa da tempo antichissimo si trovava l'Ara Maxima Herculis, luogo di culto greco semidio che testimoniava della precoce penetrazione di aspetti del culto greco in Roma; anche in relazione al carattere di zona portuale e di commerci dell'aerea del Velabro fin dalla più alta antichità. L'ara è stata identificata da diversi archeologi con il gigantesco blocco di tufo nel quale è scavata la cripta della chiesa, e vicino ad essa sorgeva un tempio di Ercole, che sopravvisse sino alla fine del XV secolo. Accanto all'ara, sul finire del IV secolo d.C., un precedente edificio fu trasformato in sede della Statio Annonae, l'istituzione che curava le distribuzioni gratuite di cibo alla cittadinanza romana. Questa funzione passò alla chiesa romana sul finire del VI secolo, ed il complesso fu trasformato in una diacona, chiamata Santa Maria in Schola Graeca, quando vi si trasferirono monaci bizantini che fuggivano dalle persecuzioni iconoclaste, nel 782, dandogli poi anche l'attributo di kosmidion, per lo splendore delle decorazioni. La chiesa dell'VIII secolo subì ampi rifacimenti tra il 1118 e il 1124, dopo essere stata danneggiata dal sacco normanno del 1084. Nei secoli successivi, passata ai Benedettini, decadde, per essere restaurata secondo una garbata veste rococò da Giuseppe Sardi nel 1718, veste che le fu tolta completamente durante il ripristino delle originarie forme romaniche ad opera dell'architetto G.B. Giovenale nel 1894/1899. La facciata attuale, ripristinata, si presenta con un portico ad arcate, sovrastato da finestre, con al centro un protiro, sulla destra il campanile romanico, uno dei più belli della città, a sette piani. Nel portico la celeberrima Bocca della Verità, accreditata dell'attitudine di mozzare la mano dello spergiuro che ve la introducesse. In origine probabilmente era un chiusino monumentale della Cloaca Massima, o la copertura di un pozzo. L'interno della chiesa, come si presenta adesso, è a tre navate divise da quattro pilastri e diciotto colonne di spoglio,mentre il pavimento cosmatesco e il soffitto ligneo sono pertinenti al restauro ottocentesco. Nei muri perimetrali della chiesa, verso la controfacciata, e nella sagrestia, sono visibili le colonne superstiti della Statio Annonae, che in alcuni casi conservano i loro capitelli. L'edificio aveva un orientamento trasversale rispetto a quello della chiesa attuale. Il matroneo, restaurato, è ancora quello della chiesa dell'VIII secolo; nella parte superiore della navata centrale e sull'arco trionfale si conservano, su tre strati, pitture dall'VIII al XII secol. Al centro della navata, la schola cantorum, con due pulpiti e baldacchini della fine del XIII secolo, mentre il sottostante altare maggiore è un antico pezzo lavorato di granito rosso qui collocato nel 1123. Anche il cero pasquale è della fine del XIII secolo. Il pavimento cosmatesco della schola cantorum è ancora originale. Dalla navata destra si accede alla sagrestia, dove è conservato un prezioso frammento di un mosaico originariamente nell'oratorio di papa Giovanni VII(705-707), in San Pietro, raffigurante l'Epifania. Altri frammenti sono conservati in Vaticano e agli uffizi di Firenze. Successivamente la cappella del coro invernale, del 1686, che sull'altare conserva l'immagine della Madonna Theotokos (Madre di Dio), opera trecentesca di scuola romana, ridipinta più volte. Tornati alla navata, dalla schola cantorum, si accede alla cripta, a tre navate, spartite da sei colonne dell'VIII secolo. Vi è anche un mosaico della stessa epoca. I restauri di fine ottocento hanno rimesso in luce i filari di blocchi di tufo identificati con l'Ara Maxima Herculis. Nella navata sinistra la cappella del Crocifisso, edificata su disegni del Giovenale, che conserva un bel tabernacolo in marmi policromi del 1727, così come settecentesco è il Battistero. La piazza antistante, denominata della Bocca della Verità, così come la zona circostante, era popolata nel Medioevo da una comunità greca, tanto da prendere il nome di Ripa Greca, mentre nei secoli più vicini a noi, spostatosi a nord il baricentro cittadino, decadde e fu popolata da numerosi fienili, da cui il nome di alcune strade ancor oggi (via dei Fienili, via dei Foraggi). Nel 1715 papa Clemente XI fece risistemare la zona erigendo la fontana dei Tritoni che ancor oggi è davanti la chiesa, garbata opera tardo barocca di Carlo Bizzaccheri. L'aspetto attuale della zona è dovuto alle ampie demolizioni effettuate nel 1924-1925 che isolarono i due templi tardo repubblicani denominati di Vesta e della Fortuna Virile e che invece erano dedicati rispettivamente ad Ercole ed a Portunus, divinità fluviale preposta alla tutela dell'adiacente porto. Entrambi devono la loro eccezionale conservazione al fatto che nel XII e nel IX secolo furono trasformati in chiesa, costituendo oggi due tra i più antichi edifici conservati a Roma.

Le sistemazioni degli anni venti e trenta del XX secolo, così come hanno fatto scomparire l'aspetto rurale della zona, hanno anche eliminato le attrezzature industriali e di servizio che negli anni di Pio IX si erano insediate nell'aerea, come ad esempio la centrale del gas che fino al 1935 occupava la valle delCirco Massimo, mentre sopravvisse, trasformata in uffici comunali, la mole dell'ex pastificio Pantanella, che ancor oggi schiaccia con i suoi volumi le linee dell'adiacente chiesa di S. Maria in Cosmedin. L'edificio,noto ai più per essere sede degli uffici elettorali, conserva anche una curiosa collezione, quella dei fondali scenici del teatro dell'opera