Questa piccola chiesa sorge alle pendici del Campidoglio, a fianco dei SS. Luca e Martina di Pietro da Cortona, deve la sua fama alla presenza sotto di se del Carcere Mamertino, uno dei più antichi edifici dell'età romana conservatisi fino ad oggi, dove venivano rinchiusi in attesa di giudizio i detenuti "politici" e che è sacro ai cristiani perchè vi furono rinchiusi anche gli apostoli Pietro e Paolo. Nel 1597 la Confraternita dei Falegnami decise di far costruire una nuova chiesa dedicata al loro patrono, S. Giuseppe, sul sito della precedente in cui si erano stabiliti, S. Pietro in Carcere (per la tradizione citata), e affidarono il progetto all'architetto milanese G.B. Montani. La chiesa fu completata esternamente nel 1602. mentre la decorazione interna proseguì sotto la guida di G.B. Soria ed Antonio del Grande, fino al 1663. Dopo il 1860 la chiesa venne ridecorata e rifatta l'abside, mentre nel 1941, in occasione dei lavori di sistemazione stradale e archeologica attorno al colle capitolino, tutta la piazza antistante venne abbassata di livello, anche per permettere di accedere dall'esterno al Carcere Mamertino e di vederne la facciata, cosicché la chiesa prese l'aspetto aspetto attuale, sospesa nel vuoto, accentuato dalla contemporanea demolizione degli edifici di abitazione circostanti, il che toglie armonia alla delicata facciatina adorna di stucchi. All'interno è da notare il bel soffitto ligneo del Montani (1612), oltre all'Oratorio, cui si accede sulla destra, adorno di un soffitto ligneo, stalli in noce e un leggio intagliato. Tra il livello della chiesa e quello del Carcere è stata ricavata la bassa cappella del Crocefisso, che ospita un crocifisso ligneo miracoloso, del XIV secolo.