Sorge sull'omonima piazza, e vi conduce il rettifilo di via di S. Francesco a Ripa, tracciato a a partire da piazza S. Callisto ad opera di papa Paolo V intorno al 1610. La Ripa cui si fa riferimento è il porto tiberino di Ripa Grande, sottostante all'attuale complesso di S. Michele, e in attività fino agli inizi del XX secolo.Tra il X ed il XIII secolo sorgeva qui un monastero benedettino, con una chiesa dedicata a S. Biagio, che fungeva anche da ospizio per i pellegrini che sbarcavano a Ripa Grande. Vi fu ospitato anche S. Francesco nei suoi soggiorni romani, e questo fu il motivo perché il complesso passasse poi ai francescani per la devozione causata dal ricordo del santo (1229). La chiesa fu probabilmente ricostruita, conservando gli ambienti in cui soggiornò Francesco. L'aspetto attuale è dovuto alla ricostruzione della parte absidale ad opera di Mattia de Rossi, tra il 1681 ed il 1701. Dal 1873 al 1943, espropriati, i locali del convento ospitarono la caserma dei bersaglieri "La Marmora". Nella piazza antistante la chiesa è una colonna ionica su piedistallo, in sostituzione di una precedente in memoria dell'intervento urbanistico di Paolo V, qui eretta da Pio IX prendendola tra le colonne del Portico di Veio, che ancor oggi ornano il palazzo Wedekind in piazza Colonna. L'interno della chiesa, a tre navate con quattro cappelle per parte, è ricco di memorie e monumenti funebri. Molto notevole la quarta cappella destra, prosecuzione del transetto, patronato dei Rospigliosi-Pallavicini, e dedicata ai SS. Pietro d'Alcantara e Pasquale Baylon, costruita da Nicola Michetti e completata da Ludovico Rusconi Sassi, una elegante creazione del "barocchetto" romano, ricchissima di marmi policromi. La corrispondente cappella sinistra è certo la più importante della chiesa dal punto di vista artistico, trattandosi della cappella Paluzzi-Albertoni, costruita da Giacomo Mola (c. 1625), che ospita uno dei maggiori capolavori di Gian Lorenzo Bernini, la statua della Beata Ludovica Albertoni, eseguita tra il 1671 ed il 1675. Il Bernini eseguì la figura della beata agonizzante travolta dalla passione divina, inserendola nella preesistente cappella quadrangolare con cupola e lanternino, arretrandone la parete di fondo e realizzandovi due finestre non visibili che illuminano la scultura, con un effetto particolare di luce che pare di provenienza ultraterrena. Dietro la statua fu collocata la Madonna col Bambino e S. Anna di Giovanni Battista Gaulli detto il Baciccia (c. 1675). Sul terzo pilastro a destra della navata centrale bel monumento funebre di Giacchino Costa, opera di Camillo Pistrucci (1841). Il Costa fu padre di di Nino Costa, importante pittore romano della seconda metà dell'Ottocento e patriota, combattente con Garibaldi nella difesa della Repubblica Romana del 1849. Il palazzo di famiglia è sulla piazza S. Francesco a Ripa, sulla destra uscendo dalla chiesa. Dalla sagrestia si può accedere, salendo al primo piano, alla cappella di S. Francesco, unico resto dell'antico ospizio, in cui fu ospitato il santo nei suoi soggiorni romani. Sullo sfondo lo scenografico armadio delle reliquie (1696), che si apre mediante la rotazione delle colonne. Al centro di esso c'è l'immagine di S. Francesco, attribuita a Margaritone d'Arezzo, che secondo la tradizione sarebbe un vero e proprio ritratto del santo. E' forse il primo ritratto della pittura italiana. Sulla parete destra della cappella, il sasso che fungeva da cuscino per il santo. Il convento, già espropriato per ospitare la caserma, è ora in restauro e destinato ad organismi del Ministero per i Beni Culturali. Dei tre chiostri uno conserva tracce della sua origine quattrocentesca, pur nelle attuali gravi condizioni di decadenza.