Sorge in una delle zone che furono il cuore della vita cittadina nel Medioevo, il che è testimoniato anche dalla precocità degli inse­diamenti patrizi e religiosi. Il luogo era occupato in origine dal mo­nastero di S. Maria in Castro aureo, con una chiesa del XII secolo a tre navate, orientata verso l’attuale via Castani. Il termine «dei Funari» si riferisce agli artigiani che fabbricavano canapi e corde e che allo scopo utilizzavano gli ambienti seminterrati dei numerosi edifici antichi della zona, dove mantenere i cordami nella necessaria umidità per poterli poi lavorare. Nel 1534 Paolo III concesse la chiesa a S. Ignazio, che vi fondò la Compagnia delle Vergini Miserabili Pericolanti, sanzionata poi da Paolo IV nel 1558, che patrocinò la costruzione di una nuova chiesa di cui il cardinale Cesi fu il sovvenzionatore. La chiesa sorse tra il 1560 e il 1564 su architettura di Guidetto Guidetti, che vi rea­lizzò uno dei primi esemplari di architettura controriformata, con una bella facciata a due ordini; il singolare campanile insiste su di una torre del XV secolo. L’interno, a navata unica con cappelle absidate, è in eleganti for­me tardorinascimentali, e possiede notevoli opere d’arte. Nella pri­ma cappella sinistra, Incoronazione di Maria, di Annibale Carracci (1600), nella seconda, di architettura vignolesca, Deposizione, di Girolamo Muziano, affreschi dello stesso e di Federico Zuccari; nella cappella maggiore, ai lati dell’altare, Storie di S. Caterina del­lo Zuccari e pitture di Raffaellino da Reggio. Il retrostante conservatorio di S. Caterina dei Funari, che si estendeva fino a via delle Botteghe Oscure, fu demolito nel 1940, senza poi effettuare la prevista ricostruzione, e restò in abbandono fino ad anni recenti, quando vi sono stati intrapresi scavi archeo­logici. Proprio accanto alla chiesa, lungo la via Caetani, nel maggio del 1978 fu ritrovato il corpo senza vita di Aldo Moro, barbaramente trucidato dalle brigate rosse.