Questa piccola chiesa sorge sulla piazza omonima, tra quella di S. Maria in Trastevere e via di S. Francesco a Ripa. Secondo la tradizione sorge sul luogo della casa dei Ponziani, dove papa Callisto I (217-222) subì il martirio, e dove la comunità cristiana a memoria di ciò costruì un oratorio; una chiesa vera e propria vi fu costruita nell'VIII secolo, e poi nel XII. Nel 1458 divenne titolo cardinalizio. La chiesa attuale fu ricostruita dalle fondamenta nel 1610, insieme all'adiacente (sulla strada) palazzo di S. Callisto, la cui facciata principale è su piazza Santa Maria in Trastevere, originariamente residenza dei cardinali titolari della basilica omonima; ricostruzione che avvenne dopo che papa Paolo V Borghese concesse palazzo e chiesa ai benedettini di S. Paolo fuori le mura. Essi vi abitarono durante l'estate, quando imperversava la malaria fuori città. La facciata della chiesa è di impianto ancora cinquecentesco, a due ordini. L'interno è una semplice aula rettangolare con due cappelle laterali, molto rimaneggiata dai restauri degli anni '30 del XX secolo. Sull'altare della cappella destra vi sono due angeli di scuola berniniana. A destra dell'altare della cappella sinistra è visibile attraverso uno sportello il pozzo nel quale, secondo la tradizione, fu gettato il santo. La vera del pozzo è invece conservata nel cortile all'esterno della cappella. L'acqua del pozzo era ritenuta salutare e usata un tempo per la cura delle febbri.