E' una chiesa di origine antichissima, probabilmente risalente al pontificato di Onorio I 8625-638), e la dedica al santo ravennate rientra nell'ambito del periodo di forte influenza bizantina sulla città, sebbene altri vi vogliano vedere una derivazione dai ludi Apollinari che pare si svolgessero nell'antichità in questo luogo. Dopo numerose fasi costruttive si è giunti all'attuale chiesa, voluta da Benedetto XIV ed eseguita su progetto di Ferdinando Fuga, tra il 1741 ed il 1748 sull'omonima piazza, vicino piazza Navona. L'interno della chiesa è preceduto da una cappella-atrio, di forma ellittica, che ricorda altre analoghe creazioni settecentesche in Roma, come l'atrio diS. Croce in Gerusalemme, riccamente decorata di marmi e che può essere considerata quasi una chiesa a se stante. Qui un altare, sulla sinistra, con un immagine mariana di scuola pinturicchiesca ella fine del XV secolo, immagine ed affresco che fu coperta di intonaco per proteggerla da offese e che nel 1647 riapparve miracolosamente, oggi coronata da ex voto tra cui alcuni seicenteschi di notevole interesse. La chiesa è a navata unica con tre cappelle per lato e vasto presbiterio con volta a botte. E' assai ampia ed alta, con una decorazione assai delicata, del miglior tipo settecentesco. Nella volta, affresco con la Gloria di S. Apollinare, opera di Stefano Pozzi. Notare, nella terza cappella destra, la statua di S. Francesco Saverio, bella opera di Pierre Legros. Il presbiterio è particolarmente ricco di marmi e bronzi, al serie di candelieri a fianco dell'altare sono opera di Luigi Valadier, il grande argentiere della fine del Settecento padre dell'architetto Giuseppe Valadier. A fianco della chiesa, sulla destra, sorge il palazzo di S. Apollinare, in origine palazzo cardinalizio, poi divenuto sede del Collegio Germanico Ungarico e ricostruito in larga parte dal Fuga contestualmente alla chiesa con un'architettura al tempo stesso semplice ed imponente (la pesantissima sopraelevazione ottocentesca di due piani schiaccia inesorabilmente l'edificio rendendolo sgraziato e cupo, cosa che non è affatto). Sul lato verso piazza delle Cinque Lune, di aspetto seicentesco, è visibile una parte dell'originario edificio quattrocentesco, con belle finestre ad arco, corrispondente al corpo scala.