L'altro ponte che collega l'isola Tiberina con Trastevere, deve la sua costruzione al Lucio Cestio, fratello di quel Caio Cestio che, a ridosso della porta di S. Paolo all'Ostiense, eresse la propria tomba nell'originale forma di piramide. Nell'anno in cui Cesare partì per la campagna di Spagna, 46 a.C., Lucio Cestio fu da lui investito della carica di amministratore della città. Nel 152 d.C. il ponte fu sottoposto da Antonino Pio ad un primo restauro. Seguì poi nel 370 d.C., la completa ricostruzione del ponte che Simmaco, prefetto di Roma, fece eseguire con materiale prelevato dal Teatro di Marcello. Ma è soprattutto a Graziano che si deve la ricostruzione del ponte, secondo quando riporta la parte finale dell'iscrizione incisa su entrambi i parapetti: "pontem felicis nominis Gratiani". Quindi non più "ponte Cestio" ma "ponte Graziano". Successivamente nel 1193 ebbe luogo un altro restauro dovuto, in base all'epigrafe incisa sul parapetto di sinistra, ad un certo "Benedetto sommo senatore dell'alma Urbe". Si tratterebbe di benedetto Carushomo (ovvero Carissimi) che, alla testa di un moto rivoluzionario contro papa Celestino III, aveva conquistato il Campidoglio reggendolo per due anni (1191-1193), appunto con il magnifico titolo di "Summus Senator". Durante questa breve stagione capitolina (anche lui sarebbe stato rovesciato con la violenza) trovò il tempo per restaurare il ponte Graziano "quasi distrutto". In seguito anche Eugenio IV e Innocenzo XI ebbero modo di occuparsi del ponte e della sua pavimentazione. E' molto probabile che nel tardo quattrocento dalla piazzetta dove si affaccia la chiesa di   S. Bartolomeo, il ponte sia stato indicato anche col nome di questo santo. C'è infine chi asserisce che nel settecento e nell'ottocento il titolo sia diventato "ponte ferrato", a  causa delle numerose mole ancorate al ponte tramite grosse catene.

Nel periodo 1888-1892 per la costruzione dei muraglioni gli ingegneri del tempo ritennero opportuno demolire i due archetti laterali, regolanti la corrente del Tevere in curva, sostituendoli con due archi più grandi. Nel 1888 insomma prese il via la realizzazione dell'odierno ponte che venne inaugurato il 20 settembre 1892 con l'antica denominazione di ponte Cestio.