La catacomba prende il nome sia dal martire principale, il greco Ermete, vissuto nel III secolo, che da Bassilla, forse la proprietaria del terreno, ricordata nellaDepositio Martyrum tra le vittime della persecuzione di Diocleziano del 304. Il cimitero si articola su tre livelli; nel piano superiore erano deposti i martiri Giacinto e Proto, uccisi, secondo la tarda Passio S. Eugeniae, durante la persecuzione di Valeriano (257). Le due sepolture venerate furono oggetto dell'intervento di papa Damaso (366-384), che ingrandì tra l'altro l'ambiente che le ospitava. Sempre nel corso del IV secolo il presbitero Leopardo rialzò il pavimento del vano, coprendo la tomba di Giacinto, che fu infatti rinvenuta integra nel 1845. Nel IV secolo presso la tomba di S. Ermete fu realizzata, distruggendo in parte le gallerie cimiteriali, una grande basilica ipogea, a pianta quadrangole, con arconi trasversali di contenimento e abside semicircolare sul fondo, forse aggiunta in epoca successiva. L'ambiente fu restaurato da papa Adriano I (772-795). Dopo la traslazione delle reliquie ad opera di Gregorio IV (827-844), la basilica venne sostituita da un oratorio, nell'absidiola del quale è stato trovato un affresco della fine dell'VIII secolo o dell'inizio del IX raffigurante, in alto il Salvatore, in basso la Madonna con il Bambino tra santi ed arcangeli. Il cimitero,che possedeva anche un'area subdiale, dove doveva trovarsi la basilica di Bassilla, conserva alcune pitture del III-IV secolo, una delle quali rappresenta un defunto, accompagnato da due santi davanti a Cristo in cattedra.