Del complesso abbaziale delle Tre Fontane si è in genere parlato assai poco, nonostante l'importanza che riveste e che dovrebbe porlo a fianco degli altri complessi monastici laziali. All'interno del complesso si trova insieme ad altre due la chiesa abbaziale dei SS. Vincenzo e Anastasio che è l'unica a conservare l'aspetto medievale. Il luogo è di venerata memoria poichè secondo la tradizione vi fu decapitato l'apostolo Paolo, e la sua testa, rimbalzando tre volte, vi fece zampillare tre fonti, ricordate dalle tre chiese attuali.

Un santuario con una necropoli vi sorse fin dai tempi più antichi, ma il monastero vi fu fondato intorno al 625, e ospitò monaci greci, per poi fiorire in età carolingia. Passò poi ai Benedettini, e infine nel 1140 ai Cistercensi, che lo ricostruirono secondo le rigorose norme del loro ordine, completandolo nel 1221, secondo per età solo alla chiesa madre italiana di Chiaravalle vicino Milano.Nel 1600, in vista dell’Anno Santo, furono ricostrui­te le altre due chiese, ma poi l’intero complesso fu abbandonato a cau­sa dell’imperversare della malaria, fino a che nel 1867-1868 Pio IX con­cesse il complesso ai padri Trappisti che provvidero al restauro degli edifici e alla bonifica della zona mediante la piantagione di eucalipti, alberi che all’epoca si riteneva fossero di ostacolo al diffondersi del morbo. A tutt’ oggi i monaci curano la produzione e la vendita del liquo­re di eucalipto.Dalla via Laurentina si diparte la via di Acque Salvie (ad Aquas Sai­vias, antico toponimo della zona) che conduce al cosiddetto arco di Carlo Magno, accesso fortificato al monastero dell’VIII-IX secolo, che con­serva nell’intradosso dell’arco stesso degli affreschi con Storie di Carlo Magno risalenti al XII secolo (si vuole che l’imperatore, sulla strada di Roma alla vigilia di Natale dell’800. abbia pernottato qui).Poco oltre, in fondo al piazzale. è la chiesa abbaziale dei SS. Vincenzo e Anastasio, risalente, come detto, al 625. ricostruita tra 1140 e 1221 insieme all’annesso monastero utilizzando parti di fabbricati pre­cedenti. La facciata in cotto è preceduta da un portico su colonne ioni­che di spoglio, l’interno è a tre navate divise da pilastri cilindrici che reggono archi a tutto sesto mentre la volta a botte inclina leggermente verso il sesto acuto, il tutto in un’aria di estrema austerità e mancanza di decorazioni pittoriche secondo le norme dell’Ordine. A fianco della chiesa, il monastero conserva un raro chiostro due­centesco anch’esso di stile cistercense, mentre in un ambiente vi sono degli affreschi staccati tra cui un raro Calendario dei mesi risalente al secolo XIV. Un breve cenno meritano anche le altre due chiese comprese nel re­cinto dell’abbazia. Una, S. Maria Scala Coeli, venne eretta su di un pre­cedente edificio da Giacomo Della Porta per conto del cardinale Alessandro Farnese tra il 1581 e il 1584; è a pianta ottagonale con cupola. La seconda, la chiesa di S. Paolo, sta in fondo a un viale che conserva il basolato romano in alcuni punti, ed è, forse, una diramazione dell’a­ntica via Laurentina. Questa chiesa fu eretta, al posto di una del V secolo. sul sito dove l’apostolo subì il martirio, sempre da Giacomo Della Porta nel 1599-1601. Essa ha una pianta singolare, che ricalca quella del precedente edificio, basata su di un vestibolo e una navata tra­sversale.Nello spazioso interno un bellissimo mosaico pavimentale policromo ­antico. proveniente da Ostia, con le personificazioni delle Quattro stagioni. Nell’ angolo destro, dietro una grata, la colonna cui S. Pietro sarebbe stato legato durante il martirio, mentre nella parete di fondo e nell’absid­e, su tre livelli, le fontane disegnate dal Della Porta a memoria dell’evento miracoloso. La zona dell’abbazia è ormai completamente circondata dai più recenti quartieri della città, sorti negli anni Settanta e Ottanta.